游戏最初是一个自卑懦弱、没有朋友的少年。在8年前他的爷爷送给了一个从埃及带回来名为「千年积木」宝物。8年的时间里游戏不断拼凑着积木，在即将拼好之际却发现少了一块积木，原来这一块积木被他的同学城之内克也扔进了河里。这时风纪委员牛尾哲以替游戏报仇为借口揍了城之内一顿并以此勒索游戏，游戏为了保护城之内也遭到了牛尾的殴打。城之内深受感动，帮助游戏把最后一块积木从河里捡了回来，让游戏拼好了积木。在拼好积木之后，游戏的体内开始出现了「另一个自己」，每当自己遇到危险时，「另一个自己」就会出现，用「黑暗游戏」打倒并惩罚对方。游戏也和城之内克也、本田广以及真崎杏子成为了好朋友。[2]
游戏的爷爷是一名游戏痴迷者，经营着一家名叫做「龟游戏店」的店铺。某一天突然流行起来的决斗怪兽卡，引起了海马集团的董事长、天才少年海马濑人的觊觎。面对被夺走的「青眼白龙」，游戏与「另一个自己」向海马发出挑战。[1]
DEATH-T篇
海马集团的董事长、天才少年海马濑人对于输给游戏一事一直耿耿于怀，为了复仇打倒游戏，他早就准备好了一切。首先从世界各地搜集了3张「青眼白龙」，其后强迫游戏的爷爷武藤双六用海马集团新开发的立体影像系统与其决斗，在打倒武藤双六后夺走他的「青眼白龙」并且撕毁，遭到打击的爷爷倒地不起被送到医院。[3]
得知情况的游戏来到海马集团，为了向身处大楼顶层海马挑战，与城之内、本田、杏子等朋友们开始了对一个个「死亡游戏」的发出挑战。最后游戏成功来到顶层，用爷爷的卡组与拥有3张「青眼白龙」的海马展开对决，召唤出无敌的怪兽「艾克佐迪亚」击败海马，粉碎了海马的心之暗。（在朝日版的动画中被删减到只剩一集）[4]
RPG篇
班上新来了一个转学生貘良了，与游戏等人成为了朋友。貘良邀请游戏等人来家中玩RPG游戏。在游戏进行中，游戏等人昏了过去，醒来后发现自己变成了RPG游戏中的角色，而暗游戏此时现身，发现貘良的身体正被他所佩戴的「千年智慧轮」中的邪恶人格操纵，遂与暗貘良展开了黑暗游戏的对决。最终众人齐心协力，在RPG棋盘内击败魔王索克，使表貘良夺回了身体，打倒了暗貘良。（动画版中被改编为决斗者王国中的一集）[5]
决斗者王国篇
国际幻象社董事长帕加索斯·J·克罗佛多觊觎海马集团的立体影像技术，想通过收购海马集团得到它。但海马集团董事会的五巨头开出了一个条件，那就是必须打败海马的宿敌游戏。于是帕加索斯用神器「千年眼」的黑暗力量绑架了武藤双六的灵魂，强迫游戏参加自己主办的「决斗者王国」大赛。游戏想救出爷爷，就必须赢得比赛的冠军并打倒帕加索斯。为此游戏一路过关斩将，得以与帕加索斯展开决斗。帕加索斯利用能够看穿对手心理的「千年眼」占据优势，但最后被游戏用人格交替的手法破解。最终游戏仪式召唤出「黑混沌之魔术师」，击破了帕加索斯的终极王牌「千眼纳祭魔」，救出了被帕加索斯封印的灵魂（在漫画中，帕加索斯被暗貘良杀死并夺走千年眼）。[5]
DDD篇
班上新来的转学生御伽龙儿，夺走了游戏的千年积木，要挟游戏用自己开发的新游戏「DDD」龙骰格斗（动画版称为DDM）对决，目的是替因在游戏中输给双六而毁容的父亲报仇。表游戏为了夺回积木而战，并在这场第一次玩的游戏中打倒了御伽。（动画版进行了大量改编，将御伽的战斗理由改为替帕加索斯复仇，而夺走千年积木要挟表游戏则改成为被马利克操控的基斯）[6]
战斗城市篇
暗游戏在美术馆看见了一块刻有自己、海马、青眼白龙、黑魔导的古埃及石板，意识到了自己之所以不知道自己是谁的原因，即为自己的记忆在三千年前也随着自己的灵魂被封印了，他决定寻找自己遗失的最重要的记忆，而这个方法就是集齐由帕加索斯创作的「三幻神」卡。
另一边，守墓一族的传人马利克为了向法老王复仇，组建了稀有卡狩猎集团「古鲁斯」。他的姐姐伊西丝·伊修达尔为了阻止自己的弟弟对法老王展开的复仇，将「三幻神」中的「欧贝利斯克的巨神兵」交给海马，希望他能利用海马集团的力量引出马利克并阻止他的yin谋。海马为了从游戏处夺回「决斗王」的称号，在童实野市举办「决斗都市」大赛。暗游戏与城之内克也等人都参加了比赛。暗游戏击败了使用盗版「艾克佐迪亚」的猎人与同样使用「黑魔术师」的魔术师潘多拉，其后在马利克操控的默剧演员手中夺得了「奥西里斯的天空龙」，并且与海马联手击败了前来袭击的数名「古鲁斯」猎人。
但城之内克也被马利克控制，在码头中强迫暗游戏进行决斗。表游戏不忍暗游戏与城之内自相残杀，愿意牺牲自己让城之内获胜。最后城之内恢复理智，成功将游戏解救出来。
「决斗都市」的8强比赛改为在海马集团的飞艇上进行。暗游戏首先用「奥西里斯的天空龙」击败了暗貘良。在4强比赛中，游戏击败了海马，海马将「欧贝利斯克的巨神兵」与「恶魔的圣域」交给了游戏。决战中与马利克操控的「太阳神的翼神龙」展开了激斗，游戏成功击败马利克，将马利克的黑暗人格埋葬，也终于将「三幻神」齐集。[7]
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